学院溯源于1958年建校的北京市农业学校；2001年6月，北京市农业学校和北京市农业管理干部学院合并组建北京农业职业学院；2008年7月，被确定为第三批国家示范性高等职业院校建设单位。

据2015年1月学校官网显示，学院先后荣获第二批全国文明单位和北京市职业教育先进单位；北京新型农民培养先进单位、社会力量参与社会主义新农村建设先进单位等称号。